Na terenach obecnej gminy Lipsk już w połowie XVI wieku istniała sieć parafii obrządku wschodniego. Funkcjonowały cerkwie w Bali, Hołynce, Jacznie, Perstuniu i Rygałówce. W roku 1582 w związku z napływem z Mazowsza coraz większej rzeszy katolików obrządku łacińskiego król Stefan Batory założył parafię rzymskokatolicką w miasteczku Lipsk nad Biebrzą i nadał jej 23 morgi ziemi na terenie miasta.[1]

W dniu 30 kwietnia 1606 r. Zygmunt III Waza na prośbę plebana Michała Grochowskiego powiększył uposażenie parafii nadając kościołowi lipskiemu 6 włók litewskich (ok. 109,16 ha.) i 14 morgów ziemi w lasach lipskich (ostęp Jasionowo obok pól miejskich) oraz 16 morgów do „wykrudowania” w lesie Dorohuszyn. Na włókach tych proboszcz lipski założył folwark i wieś Jasionowo.[2]

Pierwszą świątynię zapewne drewnianą wybudowano z fundacji króla Stefana Batorego w 1582 r. Drugą również drewnianą w 1606 r. Zbudował król Zygmunt III.[3]

Według komisji rządowej i akt kościelnych w XIX w. do parafii należały: miasteczko Lipsk oraz wioski: Chorużowce, Dabińczany, Dulkowszczyzna, Gorczyca, Jaczniki, Jasionowo, Kurjanki, Lipsk Murowany, Ostrowie, Ostryńskie, Płaska, Podłucze (dawniej Nowy Lipsk), Ponarlica, Rohożyn, Rohożyniec, Rubcowo, Rygałówka, Siółko, Skieblewo, Słomkowszczyzna, Sofijówka (dawniej Sołojweszczyzna), Starożyńce, Świack, Wnućkowszczyzna, Wołkuszek, Wołkuszne, Żabicke.[4] Od dnia 4 kwietnia 1875 r. wioski Gorczyca i Płaska zostały przeniesione do placówki duszpasterskiej w Studzienicznej.[5]

Przypuszczalnie równolegle z parafią rzymskokatolicką założona została w mieście parafia grekokatolicka i zbudowana została cerkiew.[6]

Parafia Lipsk istniała nieprzerwanie do 1875 r.[7], kiedy to ukazem carskim z 2 marca unicką diecezję chełmską (do której należała lipska parafia grekokatolicka) przyłączono do prawosławnej diecezji warszawskiej.[8] Na mocy prawa wszyscy unici stali się prawosławnymi. Nie chcąc należeć do cerkwi prawosławnej, wielu z nich zaczęło uczęszczać do kościołów obrządku łacińskiego. Księża katoliccy, którzy świadczyli posługę duszpasterską unitom, byli represjonowani.[9]

Z uwagi na nieposłuszeństwo księży katolickich i ich działalność na szkodę cerkwi prawosławnej dnia 5 grudnia 1875 r. Car Aleksander II wydał rozkaz zamknięcia tymczasowego kościoła rzymskokatolickiego w osadzie Lipsk i skasowania tamtejszej parafii.[10]

Bp P. Wierzbowski polecił dziekanowi augustowskiemu zamknąć kościół. Parafianie tymczasem przebywali w świątyni dzień i noc w nadziei, iż w ten sposób powstrzymają wykonanie decyzji cara. Zdołali jedynie na tydzień odłożyć ten moment. Przybyły do Lipska naczelnik powiatu augustowskiego starał się być jedynie obserwatorem, całą pracę składając na dziekana. Wywołało to u wiernych wrażenie, że bezpośrednim sprawcą kasaty był raczej biskup niż rząd.[11]

Dnia 11/23 stycznia 1876 r. Parafia rzymskokatolicka w Lipsku przestała istnieć.[12]

W roku 1883 Kolegium Rzymskokatolickie w Petersburgu rozważało prośbę mieszkańców i zażądało od biskupa danych o „dawnej” parafii Lipsk oraz wniosku o celowość jej wznowienia. Bp P. Wierzbowski odpowiedział, iż parafia w Lipsku jest potrzebna, skoro mieszkańcy o to proszą i chcą wystawić świątynię własnym kosztem. Sprawa zakończyła się jedynie na korespondencji.[13]

Po kasacie miasto Lipsk oraz wioski: Borsuki, Krasne, Kurianka, Ostrów, Podwołkuszne, Rohożynek, Skieblewo i Wyżarne zostały przydzielone do parafii Krasnybór.[14] Wioski Paniewo i Perkuć do parafii Studzieniczna, zaś pozostałe wioski przydzielono do parafii Teolin.[15]

Stan ten nie trwał długo, gdyż 25 lutego 1877 r. Car skasował parafię w Teolinie.[16] „Wioski lipskie” przeszły do parafii Adamowicze.[17]

Po klęsce Rosji w wojnie z Japonią car Mikołaj II ogłosił 17/30 czerwca 1905 r. Edykt tolerancyjny i amnestię za przekonania religijne.[18]

Parafianie lipscy skrzętnie skorzystali z okazji, gdyż 26 maja/8 czerwca 1905 r. Wysłano podanie do władz, które zapoczątkowało wznowienie parafii w Lipsku. W tym samym czasie rozpoczęto starania o budowę nowego kościoła.[19] Jesienią 1905 r. przybył do Lipska pierwszy administrator parafii, późniejszy proboszcz ks. Stanisław Paweł Zalewski.[20] Ludność unicka masowo przyłączyła się do parafii rzymsko-katolickiej.[21]

Pierwotnie chciano postawić drewnianą świątynię, z czasem skorzystano z okazji i powierzono architektowi Adamowi Piotrowskiemu zaprojektowanie nowej neogotyckiej świątyni. Na fundusz budowy lipszczanie zebrali 20000 rs.[22]

Teren, na którym stały poprzednie świątynie, był zajęty przez cmentarz grzebalny i plebanię parafii prawosławnej.[23] Zdecydowano się na budowę w nowym miejscu, przy ulicy Augustowskiej (obecnie Kościelna).

Wiosną 1906 r. rozpoczęto prace budowlane, które trwały nieprzerwanie 8 lat.[24]

Terytorium restytuowanej parafii stanowiło miasto Lipsk oraz wioski: Borsuki, Krasne, Kurianka, Podwołkuszne, Rohożynek, Skieblewo, Wyżarne, Andzin, Bartniki, Choruzowce, Dulkowszczyzna, Jaczniki, Jasionowo, Kapczany, Lipsk Murowany, Ponarlica, Rohożyn, Rubcowo, Rygałówka, Sofijewo, Starożyńce, Wnućkowszcyzna i Żabickie.[25] Z wiosek należących przed 1876 r. do parafii Lipsk wieś Ostrów pozostała przy parafii Krasnybór, wsie: Kołakowszczyzna, Słomkowszczyzna, Świack i Witkowszczyzna pozostały przy parafii Adamowicze, a wsie Perkuć i Paniewo przy parafii Studzieniczna. Ponadto na prośbę mieszkańców z dniem 1 listopada 1906 r. wieś Wnućkowszcyzna została przeniesiona z parafii Lipsk do parafii Adamowicze oraz z dniem 22 styczna 1907 r. wieś Bartniki do parafii Teolin.[26]

Ostatecznie w roku 1911 do parafii Lipsk należały wioski: Borsuki, Charużowce, Dulkowszczyzna, Handzin (Andzin), Jaczniki, Jasionowo, Kurianki, Krasne, Lipsk, Lipsk Murowany, Lipszczany, Ostryńskie, Okalne, Ponarlica, Podwołkuszna (Dziadownik), Rohożynek, Rohożyn Nowy, Rubcowo, Siołko, Starożyńce, Skieblewo, Sofijewo, Wierchjaminy, Wołkusz, Wyżarne i Żabickie.[27]

Do roku 1795 parafia rzymskokatolicka Lipsk należała do dekanatu grodzieńskiego, diecezji wileńskiej.[28]

Po trzecim rozbiorze Polski ziemie omawianej parafii przypadły Prusom. Łączność ze stolicą diecezji została przerwana. Stolica Apostolska zleciła więc opiekę duchową nad odłączonymi parafiami Biskupowi Płockiemu. Dnia 16 marca 1799 r. papież Pius VI bullą „Saepe factum est” erygował diecezję wigierską. Parafia Lipsk weszła w jej skład w dekanacie augustowskim.[29]

Po zmianie granic politycznych w wyniku Kongresu Wiedeńskiego papież Pius VII bullą „Ex imposita Nobis” erygował z dniem 30 czerwca 1818 r. diecezję augustowską, czyli sejneńską, która weszła w skład metropolii warszawskiej.[30]