Samodzielna parafia sztabińska powstała w 1895 roku. Została wyodrębniona z funkcjonującej od 1598 r. parafii krasnoborskiej. W Sztabinie już w połowie XVII wieku istniała kaplica rzymskokatolicka, przemianowana z istniejącej tu wcześniej cerkwi unickiej. W 1799 r. drewniany kościółek w Sztabinie był w tak złym stanie, że musiano go zapieczętować. Przeciw temu złożyli protest w kamerze białostockiej arendarze żydowscy ze Sztabina i dzierżawca dóbr Wrzosek, oświadczając, że zamknięcie kościoła naraziło ich na straty, wskutek zmniejszenia się popytu na trunki. W 1826 r. proboszcz krasnoborski stwierdził, że obecny kościół jest czwartą z kolei budowlą istniejącą na tamtym miejscu. Ostatni, wybudowany w 1804 r., miał wymiary 21 na 9 metrów. Był wzniesiony z drewna, na podmurowaniu kamiennym i obity wokół deskami. Dach pokryty był gontami pomalowanymi na kolor ciemnoczerwony. Również dwie wieże w fasadzie kościoła pokryto gontami, szczyty obito blachą i zwieńczono żelaznymi krzyżami. W jednej wieży zawieszono trzy dzwony, a na drugiej — zegar żelazny z dwiema lanymi wagami i dzwonem spiżowym. Znajdowały się tu trzy ołtarze: główny z obrazem Matki Bożej oraz boczne: z obrazem św. Antoniego Padewskieg o, a w górnej kondygnacji — św. Jakuba Apostoła i ołtarz z obrazem przedstawiającym Biczowanie Pana Jezusa, a u góry - św. Jana Ewangelisty.
Próbę powołania samodzielnej placówki parafialnej w Sztabinie podjął już Karol hrabia Brzostowski (zm. 1854), dziedzic dóbr krasnoborsko-sztabińskich, w których stworzył słynną Rzeczpospolitą Sztabińską. Kierowały nim czysto pragmatyczne pobudki. Siedzibą hrabiego był Cisów, a on sam uczęszczał do kościoła sztabińskiego. Sztabin był najludniejszym ośrodkiem dóbr i położony był w ich centrum. Mieszkali tutaj rzemieślnicy i kupcy. Miejscowość posiadała też obszerny kościół. Do nowo powstałej parafii sztabińskiej miały zostać (według Brzostowskiego) przyłączone wsie parafii w Jaminach. Wywiązała się korespondencja między właścicielem dóbr, a kurią diecezjalną. Hrabia chciał jedynie usankcjonować stan rzeczywisty.
Biskup augustowski w 1828 r. potwierdził, że opowiada się za utworzeniem filii w Sztabinie, bez istotnych zmian granic między parafią krasnoborską i jamińską. Uznano, że do Krasnegoboru ciążą: Krasnoborki, Kamień, dwór cisowski, Kryłatka, Długie, Lebiedzin i wsie skarbowe (narodowe): Jastrzębna, Balinka, Hruskie, Komaszówka; do Sztabina: Kunicha, Janówek, Karoliny, Ewy, Kopiec, Sosnowo, Budy, Kolnica Wielka, Kolnica Mała, Kobyli Kąt, Promiski, Huta Sztabińska, osady: Pogorzałe, Fiedorowizna, Chomaszewo, Podcisówek, Stara Huta. Nie zakończyło to jednak długotrwałych sporów, które ciągnęły się jeszcze latami. Od 1835 r. proboszcz mieszkał w Sztabinie i przeniósł tam akta urodzeń, ślubów i zgonów.
Dopiero dnia 18 stycznia 1895 r. Ministerstwo Spraw Wewnętrznych w Petersburgu powiadomiło warszawskiego generalnego gubernatora, a ten władzę diecezjalną w Sejnach, iż pozwoliło prowadzić księgi metrykalne wikariuszowi ze Sztabina dla następujących wsi: Budziski, Czarny Grąd, Ewy, Fiodorowizna, Huta, Janówek, Kamień, Karoliny, Kobyli Kąt, Kopiec, Krasnoborki, Kunicha, Motułka, Podcisówek, Promiski, Przechodki, Sosnowo, Suchy Grąd i Sztabin. 6 marca 1895 r. administrator diecezji ks. Paweł Krajewski podpisał dekret o utworzeniu samodzielnej parafii Sztabin. W 1896 r. dołączono do nowo powstałej parafii folwarki Cisów i Popowszczyznę oraz wioski: Budy, Cegielnię, Chomaszewo, Podgórze, Pogorzałe, Zielone, Żmojdak.
Pierwszym proboszczem parafii Sztabin był ks. Szymon Błażanis. Pracował tu w latach 1882-1896, początkowo jako wikariusz. Zmarł 17 stycznia 1897 roku.